Die EU-WRRL fordert, dass die Gewässer der Mitgliedsstaaten einen guten ökologischen Zustand erreichen. Fische sind im Fließgewässer der maßgebliche Indikator dafür. Die Umsetzung in Österreich beinhaltet eine Beprobung und Bewertung der Gewässer, sowie die Überprüfung von gesetzten Maßnahmen. Am IGF wurde ein Bewertungsschema entwickelt und eine zentrale österreichische Fischdatenbank aufgebaut.

Gemäß Bundesamtsgesetz gehört es zu den Aufgaben des BAW-IGF, soweit personell möglich, der obersten Wasserrechtsbehörde Amtssachverständige in wasserrechtlichen Verfahren zur Verfügung zu stellen. Die Sachverständigentätigkeit stellt einen Schwerpunkt der Tätigkeiten der Abteilung Gewässerökologie dar.