Des Weiteren wurden anhand historischer Unterlagen Leitbilder erstellt, eine fischökologische Typisierung der Seen durchgeführt und die Bewertungsmethode „Austrian Lake Fisch Index“ (ALFI) entwickelt. In den letzten Jahren wurde der europaweite Interkalibrierungsprozess erfolgreich abgeschlossen und eine Methodik-Leitlinie verfasst.
Entsprechend der Leitlinie kommen bei den Untersuchungen Elektrofischerei, standardisierte Multimaschennetze und wissenschaftliche Echolottechnik zum Einsatz. Die gefangenen Fische werden auf Artniveau determiniert, einem Standardmessprogramm unterzogen, Proben zur Altersbestimmung genommen und die Fang- und Messdaten in die Fischdatenbank Austria importiert. Die Auswertungen erfolgt in den Wintermonaten und die Berichte samt fischökologischer Zustandsbewertung werden zumeist im Frühsommer fertiggestellt.
Mit Ende 2016 waren 35 der 43 natürlichen Seen Österreichs (>50 ha) von der Abteilung untersucht und fischökologisch bewertet. In „sehr gutem“ fischökologischen Zustand befanden sich 10 Seen und für weitere 16 Seen konnte der „gute“ fischökologische Zustand festgestellt werden. Sieben Seen erreichten nur mehr einen „mäßigen“ und zwei Seen nur einen „unbefriedigenden“ fischökologischen Zustand.