Die Fließgewässer in Österreich haben eine Gesamtlänge von etwa 43.000 km; alle mit einem Einzugsgebiet über 10 km² sind berichtspflichtig für die Wasserrahmenlinie der Europäischen Union, das sind knapp 33.000 km. Im österreichischen Wasserrechtsgesetz wurde die Überwachung der Gewässer festgeschrieben (Gewässerzustandsüberwachungsverordnung, GZÜV). Im nationalen Gewässerbewirtschaftungsplan (NGP) wird der Fahrplan der Maßnahmensetzung und somit der zeitlichen Zielerreichung festgelegt.
Die Defizite, die in Österreich bestehen, finden sich vor allem im Bereich der Hydromorphologie. Das heißt, zum einen ist die Durchgängigkeit der Gewässer unterbrochen, aktuell gibt es etwas über 33.000 Wanderhindernisse, das ist im Durchschnitt auf jedem Kilometer Fließstrecke eines. Zum anderen wurde die Gewässerstruktur (das Gewässer, die Ufer, die Umgebung des Gewässers sowie die Geschiebeführung) teils erheblich verändert.
Fische reagieren stark auf diese Veränderungen ihres Lebensraumes und sind dadurch der maßgebliche Anzeiger für den ökologischen Zustand der Gewässer. Von der Abteilung Gewässerökologie wurde ein Bewertungsschema für den fischökologischen Zustand entwickelt, der Fisch Index Austria (FIA), der in der Qualitätszielverordnung Ökologie Oberflächengewässer (QZV Ökologie OG) nationalrechtlich Verbindlichkeit erfuhr.
Mit der standardisierten Zustandsüberwachung wurde 2007 begonnen und das Messnetz umfasst mittlerweile über 2.100 Befischungsstellen an denen zum Teil mehrmals Befischungen durchgeführt wurden. Um die Daten zentral für Österreich zu speichern, zu verarbeiten und zu bewerten, wurde am Institut eine Fischdatenbank aufgebaut, die Fischdatenbank Austria (FDA).
Die Abteilung Gewässerökologie ist in die Erstellung von Leitfäden eingebunden, übernimmt für die meisten Bundesländer die Qualitätssicherung der Befischungen und ist in nationalen und internationalen Gremien vertreten.
